安徽医科大学微生物学与生物工程系历史悠久，前身是1999年成立的生物工程系，现为国家级一流本科专业（生物技术）建设点单位，安徽省双一流学科和高峰学科建设单位。教职工11人，全部具有博士学位，其中教授3人，副教授5人；博士生导师2人，硕士生导师7人；其中“东南学者”海内外引进高层次人才4人，安徽省省级教学名师1人，安徽高校优秀中青年骨干教师1人，1个安徽省省级教学团队和1个安徽省转化医学研究团队。

 微生物学与生物工程系承担的课程有《微生物学》《生物制品学》《细胞工程》《蛋白质工程和酶工程》《发酵工程》《分子生物学》《现代生物技术与方法》《生物制药》《生物工程下游技术》和《合成生物学》等生物工程领域主干课程；另外，学系还承担《生物医学材料》《DNA前沿技术》《基因编辑》《生物药物临床前评价》《科研实验设计与论文写作》《病原生物学》《代谢生物学》《肿瘤生物学的常见研究方法与策略》等专业选修课程。有省级精品资源共享课程3门，校级精品课程2门。

 学系拥有生物学一级学科硕士学位授权点，是我校分子生物学与遗传学、生物与生物化学学科进入ESI全球排名前1%一支不可或缺的力量。建设有细胞工程实验室、分子生物学实验室、微生物学及发酵工程实验室、综合实验室等4个教学实验室，以及细胞培养实验室、微生物及发酵实验室、肿瘤分子生物学实验室和生物活性物质筛选分离等4个公共科研实验平台，另设3个独立PI研究室和1个校企联合实验室。近5年，学系教师主持国家自然科学基金及省部级科研项目14项，承担重大教研项目及其他省级质量工程项目10余项，发表科研和教学研究论文60余篇，如《Gut》、《Advanced Materials》、《ACS applied materials & interfaces》、《Analytical Chemistry》等，主编参编国家级规划教材10余部。学系积极指导学生参加各类专业技能竞赛、互联网+创新创业大赛等，获2021年安徽省生物标本竞赛一等奖1项，三等奖1项；2016年和2017年获安徽省生物标本竞赛三等奖各1项；2021年安徽省大学生生命科学竞赛二等奖1项，2018年和2019年安徽省大学生生命科学竞赛三等奖各1项；指导学生获得国家级和省级大学生创新创业训练计划项目等11项。

目前学科系主要研究方向有：（1）呼吸道传染病的病原学及致病机制研究；（2）肝癌的发病机制及其抑制剂研究；（3）先天免疫与炎症性疾病中的分子机制研究；（4）肿瘤发展过程中代谢物、关键酶和关键转运蛋白的功能和分子机制；（5）抗肿瘤纳米药物的制备及其应用研究；（6）微生物药用资源开发及其应用，等。